上期提到，初代《合金弹头》中，正规军统帅唐纳德·摩登的妻儿因为情报部门的不作为，死在了恐怖袭击中，悲痛欲绝的他为了给妻儿报仇组建了一支反叛军想要统计并为地球建立新的秩序。可惜，在有着投币这种外挂力量加持的游隼小队面前，摩登的反叛以失败告终。不仅自己辛辛苦苦组建起来的军队土崩瓦解，就连自己也成为了阶下囚。不过，《合金弹头》的故事并未就此结束，摩登的不甘心以及他在军中的威望慢慢引出了后面的故事。今天，我们就接着去了解下《合金弹头2》的剧情故事。
摩登被关入监狱之后，他的手下时时刻刻都想要营救他，他本人也不想了却残生，一直都在寻找机会逃出去。某一天，正规军正在想办法镇压来自摩登曾经的手下发动的零星攻击时，得到了一个让人大惊失色的消息——唐纳德·摩登在监狱中消失了。得到这个消息的正规军高层虽然很震惊，可因为手中无人可用的原因，只能再次派出抓回摩登后就申请退役但遭到拒绝的游隼小队再次出战。不过，这次出征的游隼小队，不仅包含了马克和塔玛，还有两位来自麻雀小队的女性成员笠本英里和菲奥·哉勒米（后续按照玩家习惯，简称英里和菲奥）。
在追击摩登的过程中，主角等人首先遇到了潜入反派军中的内应一文字白太郎（就是那个会波动拳的人质），并在相川留美和相川小圆两位负责前线补给的妹子帮助下，成功击溃新加入摩登阵营的阿拉伯叛军首领阿布·阿巴斯等敌人。由于前面这些敌人战斗力都不怎么强大，主角等人感觉事情有些诡异，就新加入的阿布·阿巴斯等人的武装力量来看，他们完全没有营救出摩登的能力，更不要说让他在监狱中离奇失踪了。好在，随着追击的不断深入，主角一行人发现自己面对的敌人越来越不对劲，摩登越狱成功的谜底也即将解开。
随着复活的木乃伊、蜘蛛机器人等一系列超越人类认知和科技水平的兵种的出现，摩登选择了与外星人合作已经是逐渐明朗的事实。但是，摩登具体是和哪一方的外星人合作，他们之间的合作条件具体又有些什么，主角一行人还不清楚。所以，在发现了事情的端倪之后，游隼小队带上了相川留美姐妹继续追击，想要弄清楚摩登到底选择了与谁合作，又是如何逃离监狱的，接下来还准备干些什么。
功夫不负有心人，随着探索的不断深入，主角众人终于发现了最大的敌人，也就是摩登的合作伙伴火星人。可惜的是，就算知道了和摩登合作的是火星人，无论是一路见到的灵异还是科技产物，都与火星人有着密不可分的关系。但在没有找到摩登之前，他们接下来会做些什么依旧是个迷。
为了弄清楚摩登到底会做些什么，主角在玩家的不断续币提供的战力加持之下，总算见到了老对手摩登将军。只不过，见到主角后前一刻还在火星飞船上哈哈大笑的摩登将军遭到了火星人的无情背叛，不仅身边的手下被火星人击杀，自己也被火星人的大型飞船抓走。
接下来的时间里，出现了让无数玩家震撼的一幕，为了救回自己的统帅，所有的反叛军都选择了和主角一起进攻火星飞船，哪怕是在火星母舰降临之后，他们也在不断用自己的生命为自己和队友创造进攻火星人的机会。最终，反叛军飞行员驾驶飞机冲入到了火星母舰中，想要和全人类共同的敌人同归于尽。
结果事与愿违，这位牺牲了自己和战机的反叛军并未能击落火星母舰，但也让火星人选择了撤离，并且放回了摩登。不过，或许是因为曾经的并肩作战；或许是因为在全人类的安全遭到威胁时奋起反抗的是这些反叛军，而那些高高在上的正规军高层却毫无作为。在火星母舰离开后，主角一行人并没有再次抓捕摩登，而是与他们一起欣赏附近的风景，人类也迎来了短暂的和平。
